凈化水設備反滲透膜的性能在長期使用后逐漸減弱。然而，因為操作失誤所引起的一些薄膜特性受到損壞，這些不必要的麻煩其實是可以避免的。較先，若不及時清洗或清洗純水生產設備的反滲透膜，其性能會受到很大的損害。在操作過程中，除一些正常性能衰減外，有時還會受到一些微生物、有機物和化學污漬的污染，性能會受到嚴重的破壞。研究表明，污染持續時間不同，難題也不同。

凈化水設備反滲透膜能被破損的原因以碳酸鈣污染為例，當污染時間為一周時，脫鹽率會迅速下降，壓差會逐漸增大，產水率不會很大，這時可以用檸檬酸開展清洗。如果把污染時間延長至一年，將對水產量產生很大的影響，而鹽通量將大大增加。

其次，必須綜合源水水體、污染指數、設備性能轉變等因素，鑒別污染種類。當微濾系統快速阻塞或壓差快速增大時，很可能發生膠體污染。當水中和萃取水中的細菌總數很高時，很可能被微生物污染。這種情況一般是由于及時維護和消毒或操作失誤造成的。

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